감사원은 방문진이 조치를 소홀히 한 MBC의 방만 경영의 사례로 △미국 리조트 개발 투자로 인한 105억원 손실 관련자 문책을 소홀히 한 점 △MBC 관계사의 실내스포츠 테마파크 사업에 따른 100억원 이상의 손실을 방치한 점 △다른 관계사의 적자경영을 방치한 점 △또 다른 관계사의 사내근로복지기금 과잉 출연 논란을 방치한 점 △음악 공연 수익금 지급 지연으로 인한 투자손실과 메이저리그 방송권료 관련 손실 등을 꼽았다.
관계사의 테마파크 사업 손실 및 적자경영 등에 대해서도 MBC는 "방문진은 MBC 본사 경영을 관리·감독하는 기관으로 지역MBC에 지분이 없으며, MBC가 최대주주인 관계사와 관련해선 매우 제한적으로 관여한다"면서 "방송통신위원회는 지역MBC 자율경영 보장을 요구하는데, 이번 감사 결과는 방문진이 지역MBC 경영에 직접 관여하라는 모순적 요구"라고 지적했다.
방문진 역시 입장 자료를 내고 "부실한 감사"라고 지적했다. 방문진은 "이번 감사 결과는 전혀 새롭지 않다. 모두 방통위가 방문진 권태선 이사장과 김기중 이사를 해임한 사유들이지만, 이런 주장은 법원에서 받아들여진 적 없다"고 밝혔다.
방문진은 또 "MBC에 주주권을 행사해 경영진을 선임하는 등 일정한 권리를 행사할 수 있지만, 주총에서 선임한 경영진에 대해 자율경영과 책임경영을 보장해야 한다"며 "경영진의 구체적 경영 판단과 활동에 일일이 개입하고 간섭할 수 없다"고 강조했다.