운영위원회는 미래부 장관, 산업부 장관, 경제수석, 미래전략수석 그리고 각 센터의 연계기업 주요 대표 실무자들로 구성된다. 창조경제가 각 지역의 특성에 맞게 정착될 수 있도록 구체적인 과제를 발굴하고 창의와 혁신을 촉진하는 프로젝트를 제안하는 역할을 맡는다.
정부는 관련 제도와 규제를 개선하는 등 창업기업들이 발굴한 과제와 프로젝트가 제대로 이행될 수 있도록 지원키로 했다. 관계부처도 창조경제혁신센터 운영위가 빠른 시일 내에 정착해 창조경제가 성공적으로 이뤄질 수 있도록 적극 협력한다는 방침이다.