그러나 안 후보 측이 단일화 방식 협의를 중단하고 "문 후보가 제대로 보고받지 못하고 있다"는 지적에 대해선 "협상 과정에서 문제가 제기됐는데 해소되지 않거나 보고되지 않거나 한 것은 전혀 없다"며 조목조목 반박했다.
그는 △백원우 전 의원이 안 후보 측 협상팀 이태규 미래기획실장의 한나라당 시절 선거공보물을 인터넷에 올렸다가 내린 점, △'친노'로 평가받는 윤건영 보좌관(문재인 의원실)의 단일화 협의 배석 문제, △문 후보 측 협상팀인 김기식 의원이 라디오에 출연한 일 등은 "다시는 그런 일 없도록 주의를 줬고, 그때그때 조치를 해서 해소가 됐다"며 "협의과정에서 문제가 제기됐는데도 해소되지 않거나 보고되지 않거나 한 것은 전혀 없다"고 강조했다.
또 "협의가 깨진 이후에 언론을 통해 전해지는 내용은 다 새로운 내용들"이라며 "저도 일어나는 상황을 정확하게 다 알지 못할 수 있는데 그런 점들은 안철수 후보도 마찬가지일 것"이라고 말했다.
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이른바 '안철수 양보론'에 대해선 "오히려 (안철수 후보) 주변에서 더 자극적이고 과장해서 안 후보께 보고를 드리는 것이 아닌가 하는 생각이 많이 든다"며 "문제제기는 좋은데, 마치 (문재인) 캠프 차원에서 조직적으로 이뤄지는 일처럼 과장되거나 확대 보고되고 있는 것이 아닌가 라는 생각조차 좀 갖고 있다"고 말했다.
또 "노영민 실장 차원에서 해결될 일들이기 때문에 보고가 안된 것들이지, 중대한 내용인데 차단되고 있거나 그런 것은 제가 보기엔 다르다"며 보고누락 논란을 일축했다.
그는 특히 윤건영 보좌관의 단일화 협의 배석 논란과 관련, "(말이 나온 김에) 정색하고 말씀드리면 윤건영씨가 왜 배석하면 안되죠. 친노였다는 이유로 (말인가요)"라며 "물론 그걸로 걸림돌이 되선 안되니 그렇다면 빼면 되지만 배석해선 안될 이유가 무엇인가"라고 반문했다.
또 "반면에 이태규씨 한나라당 경력 (페이스북에 올린 것) 그것은 안된다는 것 아닙니까"라며 "이런 모순이 어딨어요"라고 힘줘 말했다.
문 후보는 '민주당 지도부가 막후정치를 하는 것으로 안 후보 측이 생각할 수 있다'는 지적에는 "그렇게 의심하면 (민주당은) 단일화 대상이 안된다는 말밖에 안된다"고 일축했다.
이어 "협의 과정에서 발생한 문제들은 대체로 시정들이 됐고, 노력은 하겠지만 정말 시간이 부족하다"며 "긴 시간 공백이 생기는 것은 국민께 걱정을 끼쳐드리므로 빨리 다시 좀 모여 앉자는 당부 말씀을 드리고 싶다"고 밝혔다. 또 "단일화는 국민들이 바라시는 대로 아름다운 모습으로 잘 이뤄내겠다는 약속을 분명하게 드리겠다"고 밝혔다.