에이프로젠은 국내 최초로 고난도 기술을 요하는 퍼퓨전 배양 방식의 상업 생산을 추진했다. 세포와 배양액을 분리해서 세포는 배양기로 되돌려 보내고 배양액만 회수하는 ATF 장비를 2007년에 국내에 최초 도입하기도 했다. 기존에 퍼퓨전으로 생산돼 상업화된 대표 의약품으로는 존슨앤존슨의 '레미케이드'가 있다. 레미케이드는 수십대의 50L 배양기를 퍼퓨전 방식으로 가동해 생산된다.
그동안 회사는 퍼퓨전 공정에서 비교적 큰 상업 스케일로 여겨진 500L 규모로 42회, 1000L로 27회, 최대 스케일로 여겨지는 2000L로 21회 생산했다. 상대적으로 작은 규모인 500L부터 최대 규모인 2000L까지 규모를 키우며 기술 완성도를 높였다. 누적 배양액 회수량은 150만L가 넘는다. 이 과정에서 2000L 스케일로 PPQ(공정밸리데이션) 생산도 성공적으로 마쳤다.
에이프로젠 바이오로직스 오송공장에 설치된 2000L 퍼퓨전 배양 라인은 1회 배양(1배치)에 최대 10만L 이상의 배양액을 생산 가능하다. 생산 가능한 배양액의 양으로 비교하면 2000L 퍼퓨전 배양라인 1기가 전통적인 페드배치(유가식 단회배양) 방식의 1만 5000L급 배양기 3대를 동시에 3회 가동하는 것에 상응하는 효과를 낼 수 있다.
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에이프로젠 관계자는 "지난 5년여 동안 코로나19로 인한 원부자재 수급 문제 등 어려운 상황 속에서도 세계 최초로 2000L 스케일의 퍼퓨전 생산을 시도하다 보니 여러가지 시행착오와 어려움이 많았다"며 "이는 에이프로젠이 개발 뿐만 아니라 생산까지 세계적으로 상업적 경쟁력을 갖췄음을 의미하는 것"이라고 말했다.