미니스톱은 매출 부진점의 경영주를 위해 '재활, 재기 프로그램'을 운영하고 있다. 점포의 매출이 매우 부진할 경우 경영주가 본사와 협의를 통해 매출위약금 및 폐점수수료 없이 타 점포로 이동할 수 있는 제도다. 이 프로그램을 통해 점포를 이동할 경우, 경영주 투자금은 새로 이동하는 점포로 승계되고 이동하는 점포의 가맹비도 면제된다.
경영주자문위원회는 미니스톱 경영주들이 직접 뽑은 경영주 대표들이 자문위원을 맡아 경영주들의 애로사항이나 요청사항을 본사에 건의하고 협의한다. 미니스톱 본사는 자문위원들과 정기적으로 간담회를 갖고 경영주 애로 사항과 요청사항에 대해 논의하고 해결책을 모색하는 시간을 갖는다. 자율분쟁조정위원회는 외부 인사를 위원장으로 선임해 경영주와 본사간 분쟁 발생 시 서로 자율적으로 분쟁을 해결하고 조정하도록 돕고 있다.
2015년부터 매년 장기 운영 우수경영주들을 선발해 일본 편의점 및 유통업체 시찰, 온천관광 등 리프레쉬(refresh) 프로그램을 운영해 장기 우수 경영주들의 점포 운영 노하우를 업그레이드 시키고, 쌓인 피로를 풀어주고 있다.
경영주 자녀를 위한 장학제도도 운영하고 있다. 2014년부터 5년 이상 미니스톱 점포를 운영한 우수경영주 가운데 고등학생과 대학생 자녀를 둔 경영주에게 매년 장학금을 지급하고 있다.
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또, 경영주 자녀 채용우대 제도를 통해 미니스톱을 운영하고 있는 경영주의 자녀가 미니스톱 본사 채용에 응시할 경우, 해당 점포 본부장의 추천을 받으면 서류전형을 면제해 준다.
미니스톱은 경영주들의 원활한 점포 운영을 위해 각종 경조사 지원 및 도난 보험 가입, 우수경영주 시상 등의 제도도 운영하고 있다.
경영주의 경조사 시 경조금, 화환 및 대체 근무 인력을 파견하고 있으며 경영주들이 도난을 당할 경우 현금 및 유가증권에 대해 최대 300만원까지 보상하는 도난 보험을 본사 비용으로 가입해 운영하고 있다. 또 매년 각 부문 우수경영주를 선발해 상금 및 상장도 수여하고 있다.
