한 코스닥 기업 관계자는 금융위원회가 시행하고 있는 '외부감사 및 회계 등에 관한 규정'이 코스닥 기업을 차별하고 있다고 목소리를 높였다. 이 규정에 따르면 공인회계사가 위법행위로 제재를 받으면 기업에 대한 감사업무를 할 수 없도록 제한하는데 징계 수준에 따라 코스닥 상장사는 예외로 두고 있다.
징계수준은 '고의'와 '중과실', '과실' 등 위법행위의 동기를 판단해 각각 1~5단계로 결정된다. 예를 들어 위법사실이나 그 가능성을 인식한 5단계 '고의'에 대한 회계사 징계내용을 보면 주권상장 회사의 감사업무를 1년간 금지하는데 코스닥 상장사는 제외한다고 명시돼 있다. 중과실 3단계나 과실의 2단계도 코스닥 상장사에 대해서는 감사업무를 할 수 있도록 하고 있다. 금융감독원의 2012년 연차보고서에 따르면 1년간 증권선물위원회에서 의결된 공인회계사에 대한 징계건수는 103건이었다.
코스닥협회 관계자는 "코스피 기업과 코스닥 기업을 구분해 징계에 차등을 둘 것이 아니라 시가총액 규모라든가, 매출 규모 등으로 차등을 두는 것이 합리적"이라고 지적했다.
증시에서 같은 가치로 평가받은 주식이라 해도 해당 주식이 어느 시장에 상장돼 있는지, 거래대금은 어느 정도인지에 따라 증거금으로 인정받을 수 있는 가치도 달라진다. 100억원어치 주식이라고 해도 어떤 주식은 80억원의 가치를 인정받는 반면 어떤 주식은 60억원밖에 가치를 평가받지 못한다.
코스피 기업의 경우 코스피200지수에 포함되면서 일평균 거래대금이 상위 50%인 100개 종목이 증거금율 80%를 인정받는다. 반면 코스닥 기업은 코스닥 프리미어지수에 편입된 100개 기업 가운데 거래대금이 상위 20%인 20개 종목만 증거금율 80%를 인정받는다. 코스피·코스닥시장의 상장종목 수가 각각 909개, 1006개로 큰 차이가 없지만 낮은 증거금율을 적용받는 종목의 수는 코스닥시장이 더 많다는 얘기다.
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거래소 관계자는 "우량한 코스닥 기업에 대해선 대용증권 사정비율 산정시 코스피 기업 수준으로 최고치(80%)에 해당되는 종목수를 늘려줘야 한다"며 "금융당국과 협의해 내부 업무규정을 개선할 것"이라고 말했다.