재판부는 결정문에서 "이 협정은 '어업에 관한' 협정일 뿐 배타적 경제수역의 경계 획정 문제와는 직접적 관련이 없고 영해를 제외한 수역만을 협정 대상으로 하고 있다는 점에서 독도의 영유권 문제나 영해문제와는 직접적 관련을 갖지 않는다"고 합헌 이유를 설명했다.
반면 조대현·김종대 재판관은 "독도는 한반도에 부속된 도서이므로 대한민국의 영토에 속하는 것이 명백한 이상 독도 주변수역을 중간수역으로 분류해 일본과 공동어업구역으로 설정한 것은 주권의 배타적 성격에 위반된다"고 위헌 의견을 냈다.
신한일어업협정은 1965년 체결된 한일어업협정을 대체한 것으로 1998년 11월 체결돼 이듬해 1월 발효됐다.
이 협정은 EEZ(배타적 경제수역)의 설정, 동해 중간수역 설정, 제주도 남부수역 설정, 전통적 어업실적 보장 및 불법조업 단속, 어업공동위원 설치 등을 담고 있으며 독도가 공동수역에 포함돼 있어 많은 논란을 불러왔다.