한국미생물학회는 1959년 11월 창립된 학술단체로 미생물학의 기초 및 응용에 관한 연구를 장려하고 그 지식의 보급을 목적으로 한다. 현재 전국의 미생물학자 1500명이 회원으로 가입돼 있다.
한국미생물학회연합은 대한미생물학회, 대한바이러스학회, 한국균학회, 한국미생물·생명공학회, 한국미생물학회가 학술교류를 위해 2000년 6월에 설립한 조직이다.
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