싸이토카인을 이해하기 위해서는 면역작용에 대해 먼저 이해할 필요가 있다. 면역작용의 가장 큰 역할은 나(자기)와 남(비자기)을 구분해 몸을 항상 일정한 상태(건강한 상태)로 유지시켜주는 것이다. 우리 몸은 이를 위해 다양한 종류의 면역세포를 갖고 있으며 이들은 정상상태에서는 비활성 상태로 존재한다.
우선 몸 밖에서 세균, 바이러스 등이 침입하거나 몸 내부에서 반란(암 등)이 감지되면 면역세포 가운데 대식세포, 살해세포 등이 나서 1차적으로 적군을 처치하고 없애야 될 적군의 정보를 수집한다.
일례로 강력한 항암작용을 하는 것으로 알려진 싸이토카인 유도 살해세포(Cytokine induced Killer cell, CIK)는 살해작용과 증식을 유도하도록 하는 싸이토카인에 의해 활성화된 면역세포다.
몸이 다시 '건강한 상태'로 되돌아오면 적들에 대한 정보를 기억하는 일부 기억세포(memory T cell)를 제외한 나머지 면역세포에는 자살명령이 내려진다. 이때 역시 싸이토카인이 분비되는데, 이 경우의 싸이토카인은 면역작용을 억제하는 역할을 한다. 만일 싸이토카인이 이같은 제어기능을 못하게 되면 자신의 면역세포가 나(자기)를 구별하지 못해 스스로 공격하게 되는 자가면역질환(류머티스성 관절염, 아토피 피부염 등)이 생긴다.