우선 기존 해수부 조직이던 물류항만실 내 항만·해사·해운정책 담당 부서와 해양정책국 등은 현재의 국토부에서 분리될 것으로 보인다. 인수위 발표대로 해양경찰청의 소속은 해수부로 바뀌고 국토부의 명칭은 국토교통부로 변경된다.
여기에 이명박 정부 들어 농림수산식품부로 넘겨줬던 수산업무도 부활된 해수부로 다시 편입시킬 것이란 게 대체적 분석이다. 또한 해양 플랜트와 해양 기후 등 일부 업무도 추가될 가능성도 있다. 인수위는 부활된 해수부에서 맡게 될 구체적인 하위 업무는 앞으로 다른 부처의 조직개편과 함께 확정하기로 했다.
해수부가 신설되면서 기존의 물류나 교통 정책이 육상·항공과 해상으로 이분화돼 정책 간 시너지가 떨어진다는 우려도 있다. 이를 근거로 그동안 국토부는 해수부 부활에 대해 부정적 입장을 견지했다. 여수엑스포 유치 과정에서 해양정책이 건설·교통 분야와 같은 부서에서 추진됐기 때문에 짧은 기간에 성과를 낼 수 있었다는 게 국토부의 판단이었다.
건설교통부와 해수부가 합쳐진 국토해양부는 출범 이후 5년 동안 교차 근무했던 인력들이 적지 않은데다 이 기간 새로 입사한 직원들의 부처 이전 문제 등도 풀어야 한다.
국토부 관계자는 "해수부 신설에 따른 부처 간 업무 조율을 마무리해야 하고 해수부 담당 부서에서 근무하던 직원들은 희망 부서 신청을 받아 어느 부처로 갈지를 취합해 인사를 진행해야 할 것"이라며 "5년이라는 짧은 기간이긴 하지만 한 부처에서 함께 근무했던 경험들이 분리 이후에도 공동 정책을 실현하는 데 도움을 줄 것"이라고 말했다.