건양사이버대는 정부가 지원하는 국가장학금 외에 교내장학금 중 입학생의 등록금 부담을 줄이기 위한 장학 제도를 마련했다. 이를 통해 '대학정보공시 2020년 장학금 수혜 현황'에 따르면 재학생 1인당 장학금이 전국 4년제 사이버대학 중 3위에 올랐다.
특히 100% 온라인 교육으로 4년제 정규 학사학위 취득이 가능하고, 학업 유지율(대학정보공시 2020년 중도탈락 학생 현황 7.3%)이 92.6%로 전국 4년제 사이버대학 중에서 가장 높다. 학업유지율이 높은 것은 다수의 학생이 입학해 졸업까지 중도 포기하지 않는 것으로, 우수한 학생 관리 역량을 방증하는 지표다.
지원 자격은 1학년 입학의 경우 고등학교 졸업자(검정고시 합격자)면 되고, 수능이나 고교 내신 성적과 관계없이 지원할 수 있다. 2학년과 3학년 편입학의 경우 입학 조건만 충족하면 지원할 수 있다.