앞으로 질병관리본부는 감염병 전담기관으로서 국가 방역을 책임지게 된다. 차관급으로 격상되는 질병관리본부장은 인사와 예산권을 일임하게 돼 독립적 권한을 행사하게 된다. 총리실과 복지부, 안전처는 모든 감염병 위기경보 단계에서 방역대책본부 역할을 하는 질병관리본부의 지원 역할을 맡는다.
정부는 명확한 감염병 콘트롤타워 부재로 메르스 확산을 막지 못했다는 판단에서 이 같은 방역체계 개편안을 내놨다. 메르스 사태 초기, 범정부메르스대책지원본부와 중앙메르스관리대책본부, 민관합동 종합대응 TF(테스크포스) 등 정부가 가동한 조직은 다양했지만 방역의 지휘 주체가 불확실했다. 한국-WHO(세계보건기구) 합동평가단이 "거버넌스(국가 통제 시스템)가 제대로 작동하지 않아 메르스 초기에 혼란이 있었다"고 지적한 것도 이 같은 이유에서다.
24시간 정보 수집과 감시, 신속한 지휘통제 기능을 하는 긴급 상황실은 감염병 의심환자 발생 시 즉시 질병관리본부 방역관을 팀장으로 하는 '즉각대응팀'을 구성해 민간전문가를 합류시켜 대응에 나선다. 즉각대응팀 지휘 아래 시·도 보건조직과 시·군·구 보건소 공무원, 감염병 전문가, 경찰, 소방 등으로 구성된 현장방역본부는 현장에서 전결권을 갖는다. 아울러 메르스 확산을 부추긴 원활치 못한 소통문제 해결을 위해 '리스크 커뮤니케이션 전담부서'를 신설해 국민 소통을 강화한다.
질병관리본부의 인력도 확충된다. 복지부 관계자는 "기존 2명에 불과한 역학조사관 정규인력을 64명 이상으로 늘릴 예정"이라고 말했다. 우수 정규인력 확보를 위해 특수직렬인 '방역직'을 신설하고 미국 질병통제예방센터(CDC)의 역학전문요원 과정 위탁교육을 받게 할 방침이다.
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이 밖에 감염병 확산에 취약한 의료 환경도 재정비된다. 메르스 사태 당시 숫자가 크게 부족해 문제가 된 '음압격리 병실'은 상급 종합병원은 물론 300병상 이상의 대형 종합병원 전체에 일정 수 이상 설치하도록 의무화할 예정이다. 응급실을 통한 감염 확산 방지를 위해 응급실 음압격리 병상 확보도 의무화된다.