국토해양부는 이날 다음 아고라에 올린 글에서 "이번 'PD수첩' 보도는 준설 깊이와 본류부터 사업을 추진하는 것이 운하를 위한 것이라고 주장했지만 이는 사실과 전혀 다르다"며 이같이 밝혔다.
이어 "국토해양부는 'PD수첩'이 정확하게 보도해 줄 것으로 믿고 각종 인터뷰에 충실히 임해 왔지만 지난 8월16일 MBC 홈페이지에 게재된 '4대강 수심 6m의 비밀'편의 내용은 비밀팀 운영, 영포회 등 사실과 다른 왜곡된 내용이었다"고 지적했다.
24일 방송된 'PD수첩- 4대강 수심 6m의 비밀'은 국토해양부 산하 한강홍수통제소에서 지난 2008년 9월부터 12월 사이 4대강 살리기 계획의 기본구상을 만들기 위한 TF팀이 조직됐으며 이 팀에는 청와대 관계자 2명을 비롯, 국토부 하천 관련 공무원들이 소속돼 있었다는 내용을 다뤘다.