합동참모본부 발표에 따르면, 천안함의 함미는 백령도 연화리 서남쪽 2.4㎞ 지점에서 발견됐고 오른쪽으로 183m 지점에서 폭발이 발생했다.
이를 두고 일각에서는 "사고 지점은 고속정이 다니는 항로이지 통상적으로 초계함이 항해하는 항로가 아니다"는 지적이 나오고 있다. 통상 고속정은 연안과 가까운 내해를 초계함은 이보다 먼 외해를 항해한다는 것이다.
민주당 문희상 의원도 "침몰 지점이 백령도 쪽인데 통상적으로 초계함이 접근하지 않는 곳"이라고 지적했다.
안 의원은 "그날 무슨 작전이 있었느냐"며 "미국 이지스함 2척이 작전 중이었는데 이지스함은 사고함과 얼마나 거리가 떨어져 있었느냐"고 추궁했다.
한나라당 김무성 의원도 "23일부터 27일까지 미국 이지스함 두 척과 한국 이지스함인 세종대왕함, 최영함, 윤영하함 등이 서해상에서 합동훈련 중이었다"며 "사고 당시 백령도 주민들이 들었던 20여분간의 함포소리와 사고의 연관성은 없느냐"고 따져물었다.
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이에 대해 군 당국은 사고 당시 천안함은 정상적인 항로에서 항해 중이었다며 관련 의혹을 반박했다. 하지만 사고 당시 작전 내용에 대해서는 침묵으로 일관하고 있어 의문은 여전히 해소되지 않고 있다.
김태영 국방장관은 국회 국방위에서 "사고 해역은 천안함이 15번, 16번 이상 지나간 항로"라고 밝혔다. 또 한미 합동훈련과 연관성 여부에 대해서는 "독수리훈련과 전혀 무관하다"고 해명했지만 작전 내용에 대해서는 구체적인 언급을 피했다.
합참 이기식 정보작전처장도 브리핑에서 "당시 수심은 24m로 항해하는데 전혀 문제가 없었기 때문에 함장이 그 항로를 선택한 것"이라 면서도 작전 내용에 대해서는 함구했다.