서울, 경남, 부산 등 전국 각지에서 5년이 지나 등록면허세 과세통보를 받은 회생기업이 100곳이 넘는 곳으로 나타났다. 총 과세규모는 183억 원에 달한다. 다른 지방자치단체들에서도 유사한 과세통보가 줄을 이을 것으로 보인다.
26일 머니투데이가 임호선 더불어민주당 의원실을 통해 입수한 자료에 따르면 각 지자체들은 2016년 지방세법 개정을 근거로 회생기업에 등록세를 뒤늦게 무더기 과세하고 있는 것으로 확인됐다. 과세통보에 과세예고까지 이뤄진 곳을 합하면 107개 기업으로, 과세액은 총 182억9798만원이다.
구체적으로 서울지역은 강남구가 과세통보를 받은 기업이 37개로 가장 많았고 △송파(17개) △종로(11개) △마포(9개) 등 순이었다. 경남 함안군(15개)과 부산 사하구(8개)에서도 등록세 과세가 이뤄진 것으로 집계됐다. 이들 기업에 대한 과세는 당초 부과했어야 할 때보다 평균 5년 늦게 이뤄졌는데, 지자체는 무신고·불성실을 이유로 본세의 절반이 넘는 가산세를 부과한 것으로 나타났다.
전국에서 가장 많은 등록세가 과세된 곳은 강남구의 A기업으로 총 45억3365만원을 납부해야 한다. 2021년 법원으로부터 회생기업 인가결정을 받을 당시 등록세 34억 원을 냈어야 했는데 이를 납부하지 않았다며 11억 원이 넘는 가산세를 더한 것이다. 송파구의 또 다른 B기업은 2016년에 냈어야 할 세금을 미납했다며 총 3600만원을 과세통보, 이중 가산세가 등록세의 87%가 넘는 1600만 원에 달했다.
채무자 회생 및 파산에 관한 법률(채무자회생법) 제25조에 따르면 신주발행 등에 의한 촉탁등기(당사자 신청없이 법원 등이 등기소에 위임해 하는 등기)에 대해선 등록세가 비과세된다. 문제는 이 규정이 지방세법과 부딪힌다는 점이다.
지방세법 제26조 2항1호는 '회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록'을 등록세 비과세 대상으로 규정하지만 '법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록'을 비과세에서 제외한다는 단서를 달고 있다. 지자체들은 이 단서조항에 따라 과세를 고지하고 있다. 법인회생이 인가될 경우 현재 해당 기업의 출자전환이 100% 이뤄지고 있어 사실상 회생기업은 등록세를 내야만 하는 구조다.
하지만 회생법원은 채무자회생법의 비과세규정에 따라 등기소에 촉탁서를 보낼 때 등록세를 비과세항목으로 표시하고, 이에 따라 등기소도 세금납부 여부 확인없이 등기하고 있다. 이렇다보니 회생기업들은 등기할 때 등록세와 관련한 어떠한 고지도 받지 못하다 수년이 흘러 세금폭탄을 받는 일이 발생하고 있다.
과세결정이 뒤늦게 이뤄진 데에 행정안전부는 임호선 의원실에 "등록세는 납세자가 신고·납부하지 않은 경우 등기사실을 알 수 없고 등기가 있을 경우 등기관서의 장이 해당 사실을 과세관청에 통보하도록 규정하고 있다"며 "해당 사안의 경우 채무자회생법에서 등록세를 면제한다고 규정하고 있어 과세관청에 대한 등기사실 통보가 지연된 경우로 보인다"고 했다.
또 행안부는 "지방세에 대한 감면 및 비과세는 지방세관계법령에 의해서만 할 수 있다"며 "지방세 면세를 규정한 채무자회생법 조항은 삭제될 수 있도록 (법무부와) 업무협의를 추진하겠다"고 밝혔다.
서울고등법원은 2017년 지자체의 등록면허세처분을 취소해달라는 소송에서 행안부가 지방세법 개정 당시 해당 조항의 문제를 알면서도 이를 방치했다고 지적한 것으로 확인됐다.
판결문에 따르면 재판부는 "행안부가 발행한 지방세법령 적용요령을 보면 최소한 행안부는 지방세법을 개정할 당시 (등록세 관련) 쟁점조항의 존재를 알고 있었다고 보인다"며 "지방세법 개정 시 쟁점조항을 같이 개정하지 않은 이유를 묻자 행안부는 '쟁점조항의 개정여부는 소관부처인 법무부의 판단사항이지 자신들이 관여할 문제는 아니다'는 취지로 답변했다"고 밝혔다.
이어 "개정으로 인해 법률에 상호 모순·충돌이 발생함을 알면서도 소관부처가 다르다는 이유로 이를 방치하는 것은 소관부처를 포함한 입법주체의 명백히 잘못된 권한행사"라고 판시했다.
뒤늦게 세금폭탄을 맞은 기업들은 조세심판원에 심판청구, 행정소송 등 법적대응을 준비 중이다. 강남구청으로부터 수억 원의 과세고지를 받은 기업 관계자는 "과세예고 통지에 적부심신청을 했지만 받아들여지지 않았고 구청의 과세통지에 징수를 미뤄달라고 요청했다"며 "그러니 이젠 납세담보가 있어야 한다고 한다. 소송으로 갈 수밖에 없는 상황"이라고 답답함을 토로했다.
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