윤 후보자는 2013년 6월 한 일간지와의 인터뷰에서 "황교안 법무부 장관이 수사 지휘권을 행사하고 있다"며 상부의 수사방해 의혹을 폭로한 바 있다. 그는 당시 국가정보원의 대선·정치 개입 의혹 사건을 담당한 서울중앙지검 특별수사팀장이었고, 황 대표는 법무부 장관이었다.
당시 윤 후보자는 "원세훈 전 국정원장이 총선·대선에 개입하려고 지시한 것은 명확하다"며 국정원법과 공직선거법 위반 혐의를 동시에 적용하려고 했다. 그런데 당시 법무부 장관이던 황 대표가 수사 지휘권을 행사하며 수사팀의 의견을 묵살하고 있다고 정면 비판한 것이다.
윤 후보자가 이끌던 당시 특별수사팀은 원세훈 전 국정원장의 사법처리 방침에 대해 법무부와 갈등을 빚은 것으로 알려졌다. 수사팀은 이와 관련한 수사내용을 법무부에 중간보고했다. 해당 보고에는 원 전 원장을 대상으로 사전구속영장을 청구해야 한다는 의견이 담긴 것으로 전해졌다.
하지만 법무부는 수사팀의 의견에 반대 입장을 내놨고 수사팀은 반발했다. 법조계 일각에서는 당시 황 대표가 장관으로서 수사팀에 부당한 영향력을 행사하는 것이 아니냐는 비판의 목소리가 나오기도 했다.
윤 후보자는 그해 10월 국회 국정감사에서 수사와 관련해 검사장의 외압이 있었다는 폭로를 하면서 다시금 파장을 일으켰다. 그는 이 자리에서 "사람에 충성하지 않는다"는 유명한 발언을 남기기도 했다.
윤 후보자는 이후 수사팀에서 배제됐고 대구고검과 대전고검 등으로 전보됐다. 문재인 정부가 출범한 2017년 5월 서울중앙지검장으로 임명되면서 평검사에서 검사장으로 승진하는 '전례없는 인사'의 주인공이 됐다. 황교안 대표는 박근혜 정부에서 법무부 장관과 국무총리를 역임한 뒤 지난 2월 자유한국당 당 대표에 올랐다.
한편 문재인 대통령은 17일 차기 검찰총장 후보로 윤석열 지검장을 지명했다. 윤 후보자는 국회 인사청문회를 거쳐 검찰 조직을 이끌 수장으로 최종 임명된다.
황 대표는 이날 이 소식에 대해 국회에서 "검찰의 중립성과 독립성이 지켜져야 된다"고 말했다. 이어 "그런 측면에서 제도와 인사가 중요한데 원칙이 지켜지길 바란다"고 덧붙였다.
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