정부가 다음달 초 발표할 세법개정안에 대기업의 비과세·감면 축소를 통해 세수확보에 나서겠다고 밝히면서 대기업 연구개발(R&D) 세액공제율 축소가 유력한 방안으로 떠오르고 있다. 국회에도 이미 야당을 중심으로 관련 법안이 다수 발의돼 있어 함께 논의 테이블에 오를 지 주목된다.
24일 국회에 따르면 현재 국회에 발의된 대기업 R&D 세액공제 축소 방안 등을 담은 조세특례제한법 개정안 5건이 소관 상임위인 국회 기획재정위원회에 계류 중이다.
지난 5월 백재현 새정치민주연합 의원은 대기업의 R&D비용이 전년보다 늘어날 경우 증가분의 40%만큼 법인세에서 빼주던 것을 앞으로는 10%만 세액공제하도록 하는 내용의 조세특례제한법을 대표발의했다. 법안은 또 대기업이 한 해 지출한 R&D 비용에 대해 2~3%를 공제해주던 혜택도 삭제하도록 했다.
현재 정부는 기업 R&D 활동을 촉진하기 위해 당해연도 관련 지출액에 25%(대기업 2~3%)'를 공제해주는 '당기분'방식과 전년 대비 관련 지출액 증가분에 50%(대기업 40%)를 공제해주는 '증가분'방식 두개 중 기업이 선택할 수 있도록 하고 있다. 당기분 방식의 경우, 지난해 예산부수법안 논의시 3~4%이던 공제율을 1%포인트 축소하는 방향으로 한 차례 개정한 것이다.
하지만 개정안대로라면 중소·중견기업이 아닌 대기업은 증가분 방식만 선택할 수 있다. 매년 R&D 투자를 늘려야만 공제혜택을 받을 수 있단 얘기다. 투자를 늘리더라도 세금 감면액은 현재보다 대폭 축소된다.
앞서 2012년 홍종학 새정치연합 의원은 상호출자제한기업집단에 한해 R&D 증가분의 30%만 공제해주도록 제한하는 내용을 담은 조세특례제한법을 발의한 바 있다. 그러나 2013년 상호출자제한기업집단의 모든 법인세 공제혜택을 없애도록 하는 더 강화된 내용의 법안을 재차 발의했다.
정성호 새정치연합 의원도 같은 해 상호출자제한기업집단에 대해 R&D 세액공제를 아예 없애는 내용의 법안을 발의했으며, 소득규모 5000억원 초과기업의 R&D개발·시설투자 비용의 세액공제를 없애는 김기식 새정치연합 의원의 법안도 계류 중이다.
한편 기획재정부는 올해 대기업 비과세·감면을 축소해 세수를 확보하는 방향으로 세법개정을 추진 중이다. 현재 40%인 증가분 공제율을 30% 또는 그 이하로 줄이는 방안이 유력하게 제시되고 있다.
기재부에 따르면 R&D 세액공제 등에 따른 조세지출액이 지난해 3조4000억원에 달하는 것으로 집계하고 있다. 올해 R&D 분야 조세지출액도 3조5000억원으로 예측하고 있다.
이 중 상당부분은 R&D 투자에 활발한 대기업에 돌아갔다는 분석이다. 지난해 상호출자제한기업이 받은 총 국세감면액이 2조8000억원에 달하는 것으로 추정된다. 올해 역시 2조5000억원 가량의 감면액이 발생할 것으로 기재부는 보고 있다.
최경환 부총리 겸 기획재정부 장관은 지난 15일 국회 기획재정위원회 전체회의에 출석해 "비과세·감면을 정비해서 사실상 대기업들이 세금을 더 내도록 하는 방향의 세법개정을 추진하고 있다"고 밝혔다.
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