연기금, 거래세 부과 첫날 '혼란' 증폭

기재부, 정부투자 과세여부 늑장 지침… 일부 반대로 적용

정부가 올해부터 공모펀드와 연기금의 증권투자에 대해 증권거래세(매도 금액의 0.3%)를 부과키로 한 가운데, 증권·자산운용사들이 과세와 비과세 대상을 거꾸로 적용하는 등 혼란을 빚고 있다.

소관부서인 기획재정부가 지난해 세제개편안을 발표한 뒤 세부적인 과세 적용 대상에 대해 유권해석을 뒤늦게 내린데다 이를 명확히 전달하지 못해 초래한 결과다.

4일 관련업계에 따르면 일부 증권사와 자산운용사들은 지식경제부 소속 기관인 우정사업본부의 직접 및 간접투자(펀드) 모두 비과세 계좌로 설정한 것으로 확인됐다. 또 노동부의 투자에 대해선 모두 과세로 운용하고 있다.

그러나 이런 적용은 기획재정부의 방침과 어긋난다.

기획재정부 관계자는 "국가 및 지방자치단체에서 직접 투자하는 경우는 증권거래세법 6조에서 명시한 '주권을 양도할 경우 비과세한다'는 규정에 의거해 종전처럼 세금을 내지 않는다"며 "다만 펀드를 통해 간접 투자하면 주체를 펀드로 봐야 하므로 공모펀드처럼 거래세를 부과해야 하는 게 맞다"고 밝혔다.

또 "국민연금 등 준 정부 기금의 경우는 직·간접 모두 과세해야 한다"고 덧붙였다.

즉 우정사업본부나 노동부 등 정부 기관의 직접투자에 대해서만 비과세하는 게 맞다는 얘기다. 현재처럼 우정사업본부의 간접투자까지 비과세하거나 노동부에 대해 과세를 적용하고 있은 모두 잘못된 셈이다.

이 관계자는 "이런 내용을 납세의무자인 한국예탁결제원에게 지난해 12월29일 통보했고 증권·운용사에게 전달해달라고 했다"며 "오늘까지 문의가 오는 걸 보면 전달 과정에 문제가 있었던 것 같다"고 전했다.

예탁결제원은 증권사로부터 거래세를 징수해 기획재정부에 납부한다.

증권·자산운용사의 경우 불만이 적지 않다. 한 증권사 관계자는 "법 적용을 며칠 남겨두지 않은 상황에서도 기획재정부와 예탁결제원으로부터 명확한 답변을 듣지 못했다"며 "지난달 말이 되서야 우정사업본부만 비과세 적용을 받는 것으로 확인했고 일부에선 연기금마저 비과세된다고 전달받았다고 하는 등 갈수록 혼란만 가중되고 있다"고 지적했다.

증권사는 매매 주문을 받기 때문에 투자자의 과세 대상 여부에 따라 해당 계좌를 과세나 비과세로 미리 설정해 놔야 하는데, 세제개편 이후 정부의 불분명한 태도로 인해 뒤죽박죽으로 적용하고 있는 셈이다.

특히 기획재정부로부터 유권해석을 전달받은 예탁결제원은 이런 내용을 증권·자산운용사에게 개별적으로 공지하지 않는 등 안일한 대응으로 혼란을 부추겼다는 비판을 면하기 어렵게 됐다.

예탁결제원은 관련 내용을 충분히 설명했다는 입장이다.

예탁결제원 관계자는 "만약 과세해야 할 경우에 비과세로 적용했으면 추가 납부를 하면 되고 반대의 경우는 환급을 받으면 된다"며 "이달 세금의 납부 기일인 다음달 10일 이전까지 혼선으로 생긴 결과를 파악해 정리하면 문제가 없을 것"이라고 말했다.