감사원은 해임 요구에 대한 근거로 크게 '한국방송공사 부실경영, 인사전횡, 사업 위법 부당 추진', '조직·인력 관리 방치 및 자의적 인사를 통한 인사권 남용', '방송시설 설치 및 방송콘텐츠 구매업무를 관리시의 책무 회피 및 판단 미흡으로 인한 예산 낭비 가시화' 등을 들었다.
감사원은 우선 정연주 사장의 해임건의 첫번째 이유로 '한국방송공사 부실경영, 인사전횡, 사업 위법 부당 추진'를 제시하며 정연주 사장은 재직기간 중 비위가 현저하여 KBS의 대표자로서 직무를 수행하는데 문제가 있다고 판단된다"고 주장했다.
감사원은 "KBS의 경영환경이 다양한 뉴미디어의 등장, 1981년 이후 수신료 동결, 공영방송으로서의 수익성 추구의 한계 등 어려운 상황에 처해 있으므로 수입, 지출의 적정관리 및 조직, 인력 운영의 효율성 제고 등 경영합리화 조치와 함께 공정한 인사관리를 통해 조직의 역량을 강화해야 했다"며 "그러나 정연주 사장은 과다한 지출예산 편성, 조직·인력 방만 운영 등에 따라 취임 이후 KBS 재정구조를 만성적 적자 구조로 고착화 시켰고, 원칙·기준에 어긋난 자의적 특별 승격·팀장 보직, 징계양정 부담 감경 등 인사전횡으로 조직 갈등을 유발했으며, 위법하고 타당성 없는 방송시설 사업을 무모하게 추진하여 사업비를 낭비했다"고 밝혔다.
감사원은 이어 "정연주 사장이 자신의 주도로 마련한 KBS 주요 경영혁신방안을 제대로 추진하지 않고 방치하고 있으며 특별 승격 등을 통해 인사권을 남용하고 불분명한 사유로 보직 해임하는 등 인사권을 자의적으로 행사했다. 또 KBS '인사규정 시행세칙'에 따라 징계 등 인사처분을 확정하면서 징계양정을 부당하게 감경하는 등 인사권을 남용했다"고 주장하며 '조직·인력 관리 방치 및 자의적 인사를 통한 인사권 남용'을 두 번째 이유로 들었다.
감사원은 또한 '방송시설 설치 및 방송콘텐츠 구매업무를 관리시의 책무 회피 및 판단 미흡으로 인한 예산 낭비 가시화'를 세번째 이유로 들며 "정연주 사장은 수원센터의 운영방침을 명확히 정하지 않고 수원센터 운영 정상화 책무를 회피했다. 또 당초 방송제작 지원용도로 설치된 시설(3층, 연면적 1만 1977㎡) 전체를 '수도권정비계획법'에 위배하여 08년 6월 현재까지 연수원으로 불법 사용하고 있다"고 주장했다.
이어 감사원은 "KBS에서 추진 중인 별관 부지 개발사업(C3 Project)이 감사원의 관계부처 확인 결과 법의 취지에 위반될 것으로 판단되며 중단될 경우 디지털 전환 등 주요사업의 차질과 예산낭비가 예상된다. 또 KBS에서 진행 중인 중계소 폐지 및 신설을 통한 난시청 개선 사업도 감사 기간 중 현장 확인 및 방송통신위원회의 시뮬레이션 결과 여전히 난시청 문제의 해결 가능성이 없어 위 변경허가마저 취소될 우려가 있는 등 기투입된 사업비 계 74억여원이 사장됐다"고 해임 요구 사유를 밝혔다.
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