재판부는 결정문에서 "감사원을 독립된 외부감사기관으로 정하고 있는 취지, 중앙정부와 지자체가 국민의 복리증진이라는 공동목표를 추구하는 협력관계에 있다는 점 등을 고려하면 지자체 자치사무에 대한 감사를 헌법에 어긋난 것으로 보기 어렵다"고 판시했다.
그러나 이강국 이공현 김종대 재판관은 "헌법상 감사원의 직무감찰 대상이 '행정기관 및 공무원의 직무'라고 규정돼 있을 뿐 지자체의 사무에 대해서는 아무 제한을 두고 있지 않다"며 "지자체의 모든 사무에 대해 무제한적 감사권을 부여해서는 안된다"고 밝혔다.
강남구 등은 감사원이 2005년 공직기강 차원에서 지자체에 대한 감사를 벌이자 "헌법 및 지방자치법에 부여된 지방자치권의 본질을 침해했다"며 헌법재판소에 권한쟁의 심판을 청구했다.
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