교차 오염을 막으려면 식자재의 보관, 조리 등 모든 과정에 주의를 기울여야 한다. 우선 채소나 과일은 씻은 후 밀폐용기에 넣어 냉장실에 보관한다. 오래 보관할 땐 비닐 팩에 담아 세로로 세워두면 식자재가 밑에 깔려 썩는 것을 예방할 수 있다. 달걀은 껍질에 닭의 분변에서 묻어나는 살모넬라균이 존재할 수 있어 꼭 다른 식자재와 구분해 보관해야 한다. 냉장고 문 쪽에 보관하는 경우가 많은데, 문을 여닫을 때 충격으로 껍질에 금이 가 세균이 침투하거나 온도변화로 습기가 생겨 품질에 악영향을 미칠 수 있다. 냉장고 안쪽에 뾰족한 부분(첨단주)을 아래로 향하게 한 상태로 보관하는 게 바람직하다.
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음식을 조리할 때는 칼, 도마 등 조리 도구를 육류, 생선, 채소·과일처럼 식재료별로 구분해 사용한다. 식자재를 씻을 때 역시 물이 주변으로 튀지 않게 조심해야 한다. 가급적 날것으로 먹는 채소류부터 육류→어류→가금류 순으로 손질하는 게 좋다. 채소를 씻고 실온에 오래 방치하면 오히려 세척 전보다 세균이 더 많이 증식할 수 있다. 조리 과정에 시간이 걸린다면 번거롭더라도 냉장 보관하는 게 바람직하다.
식중독 걸려도 하루에 물 1ℓ는 마셔야 식중독 치료의 기본원칙은 구토·설사 등으로 인해 빠져나간 체내 수분과 전해질을 보충하는 것이다. 최정민 인제대 상계백병원 소화기병센터 교수는 "위장관 증상이 심해질까 봐 음식이나 물을 마시지 않는 건 오히려 탈수를 불러 증상을 악화시키고 회복을 늦출 수 있다"면서 "식중독에 걸리면 이온 음료나 물을 하루 1리터 이상 꼭 마시는 것이 좋다"고 말했다.
박광범 노원을지대병원 소화기내과 교수도 "종전에는 절대적인 금식이 원칙이었지만 최근에는 수분 섭취와 함께 영양분을 조기 공급해 장 세포의 회복을 돕는 것이 식중독 환자의 치료 전략"이라며 "급성기에는 우유나 유제품은 피하면서 쌀과 같은 탄수화물을 조금씩 섭취하고, 설사 등의 증상이 사그라지면 단백질과 지방을 순차적으로 보충해 차차 정상적인 식단으로 식사할 것을 권한다"고 조언했다.