회사에 따르면 세무당국은 2009년 한서제약 합병 시 발생한 회계상 영업권 282억 원이 합병차익에 해당한다며 법인세 99억 원을 부과했다.
셀트리온제약 측은 "2009년 합병 당시 신주발행가액과 피합병법인의 순자산가액과의 차액이 발생해 이를 회계상 영업권으로 계산해 국세청에 신고했다"며 "회계처리를 위해 자산계정으로 옮긴 부분을 국세청이 이익금으로 보고 세금을 부과하게 된 것"이라고 설명했다. 이어 "실제 이익이 아닌데도 회계상 영업권을 이익금으로 보고 세금을 부과하는 것은 부당하다"고 덧붙였다.
한편, 국세청은 2010년 이전에는 이 같은 회계상 영업권에 세금을 부과하지 않았으나 2010년 영업권 상각을 절세수단으로 악용하는 사례를 막기 위해 이를 합병차익으로 보고 과세할 수 있도록 관련법을 개정했고, 이를 법 개정 전인 2007년 이후 합병한 기업에 대해서도 소급 적용해 일부 기업에 대해 법인세를 부과한 바 있다.
국세청은 2013년 동부하이텍에 대해 2007년 합병당시 발생한 회계상 영업권이 합병차익에 해당된다며 778억 원의 법인세를 부과했다. 동부하이텍은 이에 대해 세금징수 유예와 행정소송을 제기해 1심에서 승소했으며, 현재 2심을 진행 중이다.