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나토키나제는 대두에 들어있지 않고 콩을 발효시킬 때 만들어내는 효소다. 콩을 발효시킬 때 낫토균(Bacillus natto)이 콩의 영양성분을 섭취하거나 생육하면서 만들어낸다. 일본의 히로유키 스미(Hiroyuki Sumi) 박사가 1987년 200여종의 식품을 검색하는 과정에서 일본식 청국장인 낫토(Natto)로부터 발견한 것에서 그 이름이 유래했다.
낫토에 들어있는 나토키나제는 혈압 상승을 억제한다. 또한 골다공증 예방에도 도움되며 혈전을 녹이는 작용을 한다. 혈전은 혈액 속에서 불필요한 콜레스테롤이나 당 증가의 원인이 된다. 따라서 나토키나제는 뇌경색이나 심근경색 등 혈관이 혈전으로 막혔을 때 사용하는 혈전용해제와 비슷한 역할을 한다.