현재 4대강 사업구간 내에서 파악된 폐기물은 220만톤 이상인 것으로 국토부는 추정하고 있다. 이들 폐기물을 처리하는데 드는 비용만 약 670억원에 달할 것으로 예상된다.
폐기물 발생 유형으로는 △과거부터 하천변에 있었던 쓰레기 및 홍수시 떠내려 온 쓰레기 △영농쓰레기 및 비닐하우스, 건물 철거물 △기존 시설물 철거에서 나온 폐콘크리트 등이 포함된다.
현재 79개 공구에서 폐기물 처리 용역이 이미 발주됐으며 나머지 공구들에서도 순차적으로 발주가 이뤄질 예정이다. 특히 장마철에 각종 쓰레기가 하천으로 유입될 경우 해양에까지 피해를 끼칠 수 있다고 보고 부유 가능성이 있는 폐기물 등을 우선 수거·처리할 계획이다.