29일 합동참모본부에 따르면, 전날 밤 오후 10시30분쯤 730t급 기뢰탐지선인 '옹진함'이 음파탐지기로 사고 해역을 수색, 함미를 발견했다. 함미는 최초 폭발지점에서 동남쪽으로 600m 정도 떨어진 곳에 뒤집혀지지 않고 그대로 침몰해 있는 것으로 알려지고 있다.
군은 이에 따라 가용 인력과 장비를 최대한 동원해 우선 실종자 구조작업에 나선다는 방침이다. 전문가들은 함미 발견에 따라 실종자 수색과 함께 침몰 원인 규명에도 가속도가 붙을 것으로 분석하고 있다.
천안함 함장인 최원일 중령은 지난 27일 "'쾅'하는 소리와 함께 몸에 50~60cm 붕 뜬 후 배가 오른 쪽으로 기울어졌다"고 침몰 당시 상황을 전한 바 있다. 최원일 중령은 "폭발 후 배가 두동강이 났고, 순식간에 함미는 가라앉아 버렸다"며 "화약냄새는 나지 않고 기름냄새가 났다"고 말했다.
유가족들은 1200t급에 달하는 초계함이 두 동강이 나 순식간에 가라앉는 것이 논리적으로 발생 가능한 것인지 의혹을 제기하고 있다. 또 전문가들은 폭발 당시 "몸이 붕 떴다"는 생존자 증언에 따라 기뢰 폭발 후 2차 충격파에 의해 배가 붕괴한 것 아니냐는 관측을 내놓고 있다.
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군 당국에 따르면 침몰 원인을 과학적으로 규명하기 위해서는 함체의 인양이 필수적이라고 밝히고 있다. 그러나 천안호가 1200t에 달하는 대형 함선이라는 점에서 함체 인양까지 상당한 기간이 걸릴 것이라는 관측도 나오고 있다.
게다가 함체 인양 후에도 사고 원인 분석까지는 추가적인 시간이 걸려, 사고 원인 분석까지는 최소한 한달 이상이 소요될 것으로 보고 있다. 현재 군은 아시아 최대 규모 수송함인 '독도함과 대형크레인과 잠수정 등이 탑재된 구조선인 광양함 등이 투입돼 실종자 수색 작업을 진행하고 있다.