정부는 국내 교육계에서 서울대의 위치를 감안, 추가로라도 이전을 성사시키고 싶다는 입장이지만 서울대 내에서는 단과대별로 세종시 캠퍼스 조성에 대한 이견이 큰 상태로 알려졌다.
조원동 국무총리실 사무차장은 이날 "세종시를 교육과학 중심의 경제도시로 만든다는 측면에서 볼 때 서울대 등 우수 대학이 세종시에 입주하는 것은 매우 바람직하다"고 밝혔다.
특히 수용 가능한 부지가 없다는 이유로 사실상 추가 유치 가능성을 접은 기업과는 달리 "대학은 1~2곳 더 들어올 수 있다"는 말로 서울대에 대한 '구애'를 지속했다.
서울대도 정부의 요청을 받고 본부 차원에서 특별 대책팀을 꾸리는 등 이전 문제를 검토해 왔으나 결국 발전방안 발표 전에 이견을 조율하는 데 실패했다.