특히 65세 이상 고령자의 경우 사전에 예약하고 정해진 일정에 맞춰 의료기관을 방문해 대기시간을 최소화하는 것이 좋다. 대기하는 동안에는 수분을 충분히 섭취하고, 예진 시 평소 앓고 있는 만성질환 등을 의료진에게 반드시 이야기해야 한다.
백신성분이나 계란에 대해 아나필락시스(알레르기성 쇼크증상) 등 심한 알레르기 반응이 있었거나, 이전에 계절독감 예방접종 후 비슷한 반응이 있었다면 백신을 접종해선 안된다.
계절인플루엔자 백신접종 이후 6주 이내에 '길랑-바레증후군'이나 다른 신경계 이상이 나타난 경험이 있는 사람도 신종플루 백신을 맞아선 안된다. 길랑-바레증후군은 환자의 면역체계가 신경세포를 손상시켜 근력을 약화시키고 마비를 일으키는 드문 신경계 질환이다. 다리부터 시작해 마비증상이 위로 올라가는 양상을 보이며, 수주에서 수개월 동안 지속될 수 있지만 대부분 완전히 회복된다.
하지만 접종받은 부위에 국소적으로 통증이 생기거나 부어오르고, 열이 나는 경미한 증상은 다른 백신 접종 후에도 나타날 수 있는 반응으로 흔히 1~2일 내에 자연적으로 좋아진다.
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단, 38도 이상의 고열이나 심한 알레르기 반응(호흡곤란, 목 쉼, 두드러기, 창백함), 근육약화, 감가저하 등 이상반응이 나타나면 즉시 접종기관이나 가까운 의료기관을 방문해야 한다.
백신으로 인한 이상반응으로 판명됐을 경우 보상받는 제도도 마련돼 있다. 국가에서는 1995년부터 '예방접종피해국가보상제도'를 운영하며 예방접종 피해로 인한 진료비가 30만원 이상인 경우 진료비를 보상해주고 있다. 장애나 사망에 대한 일시보상금 지급도 가능하다. 예방접종 도우미사이트를 통해 접종자 본인이나 보호자가 신고할 수 있다.
보건당국은 "신종플루 백신은 오랜기간 사용되며 안전성을 입증받은 계절독감 백신과 동일한 제조공정을 거쳐 만들어지는 만큼 비슷한 정도의 안전성을 가질 것으로 예상된다"면서도 "모든 예방접종은 이상반응 발생가능성이 있고 그것은 개인의 체질에 따라 다양하게 나타날 수 있는 만큼 주의관찰이 필수적"이라고 강조했다.