야당 의원들은 즉각 세종시 건설을 축소하려는 의도가 아니냐고 추궁했다. 김종률 민주당 의원은 "뒤늦게 효율성 운운하는 것은 자다가 봉창 두드리는 생뚱맞은 말"이라며 "국정을 총괄해야 할 총리로서 이 정도 의식을 가진 분이 기본적인 자질이 있는지 의심된다"고 지적했다.
다음은 정 후보자의 병역기피 의혹이 쟁점이 됐다. 야당 의원들은 정 후보자가 군 면제 판정을 받는 과정에서 병역을 기피하려던 의도가 있었는지를 추궁했다.
하지만 백원우 민주당 의원은 정 후보자가 입영 연기 상태이던 1970년 12월 미국 마이애미 대학에 제출한 입학 허가 신청서에 "병역을 면제받았다"고 기재한 사실과 1976년 취업비자로 변경해 미국 컬럼비아대 조교수로 취업한 점 등을 들어 "구렁이 담 넘어가듯 하지 말라"고 추궁했다.
정 후보자의 세금 탈루 의혹도 제기됐다. 야당 의원들은 정 후보자가 기업체에서 고문으로 재직하며 받은 소득을 신고하지 않았다는 점을 지적했다. 정 후보자는 일부 착오가 있었다고 답했다.
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청문회 과정에선 정 후보자가 서울대 교수 시절 해외에 나가면서 Y 중소업체 회장에게서 "궁핍하게 살지 말라"며 1000만원을 받은 사실도 드러났다.
한편 정 후보자는 이명박 정부의 감세 정책과 관련, "감세 혜택을 받는 계층은 부유한 사람들뿐"이라며 부정적인 입장을 밝혔다. 은행들에 대한 제한적인 단독조사권을 한국은행에 부여하는 한은법 개정안에 대해선 "금융감독을 더 강화해야 한다는 게 세계적 추세"라며 한은의 감독권한을 강화해야 한다는 의견을 피력했다.