조능희 전 'PD수첩' 책임프로듀서(CP)는 이날 오후 서울중앙지검에서 기자회견을 열어 "언론이 잘못된 정부 정책을 비판했다고 해서 언론인을 처벌하는 것은 코미디"라며 "세계 어느 나라에서도 정부 정책을 비판했다고 언론인이 수사를 받는 곳은 없다"고 주장했다.
김보슬 PD도 "우리는 근본적으로 방송에서 어떤 의도를 갖고 정운천 전 농림수산식품부 장관 등의 이름을 거론한 적이 없다"며 "미국산 쇠고기 불매운동은 2005년부터 시민사회단체에서 추진한 것으로 (PD수첩 때문에)미국산 쇠고기 수입업자들이 피해를 봤다는 것도 말이 안 된다"고 반박했다.
PD수첩 측 김형태 변호사는 "사건의 본질은 묻어둔 채 사소한 부분만 끝없이 나열해 제작진을 기소한 게 이번 수사의 문제점"이라며 "(검찰이 김 작가의 이메일을 공개한 것은)심각한 사생활 침해"라고 말했다.
'민주사회를 위한 변호사 모임(이하 민변)'도 이날 검찰 수사결과를 비판하는 내용의 논평을 내고 검찰개혁을 촉구했다.
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민변은 논평을 통해 "노 전 대통령의 서거를 계기로 스스로 반성하고 인권과 민주주의를 수호해야 할 책무를 검찰이 깨닫기를 바라는 마지막 희망마저 무너뜨리는 검찰의 결정 앞에 우리는 검찰이 현 정부의 시녀 노릇을 하는 정치검찰임을 다시 한 번 확인하게 됐다"고 강조했다.
이 단체는 이어 "우리는 반성이나 뉘우침 없는 검찰에 대해 법적 투쟁으로 명예를 지키고 정치검찰을 개혁하는데 앞장설 것"이라고 덧붙였다.
반면, 청와대는 이날 검찰 수사결과에 대해 "충격적이며 경악을 금할 수 없다"고 밝혔다.
이동관 청와대 대변인은 "MBC PD수첩의 광우병 방송이 총체적으로 왜곡·조작됐다는 사실이 검찰 수사를 통해 낱낱이 드러났다"며 "왜곡·조작 방송이 국민을 어떻게 호도하고 국가적으로 얼마나 큰 손실을 가져오는지 극명하게 보여준 사례로 기록될 것"이라고 말했다.
한편 서울중앙지검 형사6부(부장검사 전현준)는 PD수첩 제작진이 다양한 편집기술 등을 동원해 실제 취재한 내용이나 객관적 사실과 다른 내용을 허위·과장 보도했다고 결론짓고 이날 조 전 CP 등 제작진 5명을 명예훼손 및 업무방해 혐의로 불구속 기소했다.