종부세 부과 자체의 정당성은 인정되지만, 개인별이 아닌 세대별로 종부세를 부과하는 것이 헌법에 위반된다고 본 것이다.
세대별 합산과세 규정은 2005년 8·31대책에서 도입된 것으로 현행 종부세법의 뼈대를 이루는 사안이다.
세대별 합산에서 인별 합산으로 바뀌게 되면 종부세의 위력은 뚝 떨어진다. 부부간에 명의를 분산시키거나 공동명의를 활용하면 현행 기준(6억 원 초과)으로도 12억 원 이하까지 종부세 납부대상에서 제외되는 효과가 발생하기 때문이다.
헌재는 2002년 8월 의사 최모씨 등이 "부부 자산소득의 합산과세는 혼인부부를 일반인들에 비해 차별한다"며 제기한 헌법소원 사건에서 재판관 전원일치로 위헌결정을 내린 바 있다.
당시 헌재는 "부부가 결혼을 했다는 이유만으로 결혼하지 않은 자산소득자보다 더 많은 조세를 부담해 소득을 재분배하도록 강요받는 것은 부당하다"고 위헌 사유를 밝혔다.
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세대별 합산규정 외에도 헌재는 주거목적의 1주택 장기보유자에게도 종부세를 부과하는 것은 헌법에 부합하지 않는다는 헌법불합치 결정을 내렸다.
이 조항에 대해서는 6명의 재판관이 헌법불합치, 2명이 합헌, 1명이 일부 헌법불합치 의견을 내 헌법불합치로 결정됐다.
헌법불합치는 해당 조항의 위헌성은 인정되지만 단순 위헌을 선고할 경우 생길 혼란을 막기 위해 일정기간 법을 유지하라는 결정이다.
이 조항에 대해 위헌선언을 하면 주택 가격에 관계없이 모든 1주택 장기 소유자들에게 종부세를 부과할 수 없는 결과가 생긴다.
따라서 종부세 납세 의무자 중 적어도 주거 목적의 1주택 장기보유자 등은 예외로 할 필요가 있는 만큼 입법자는 이런 내용을 참고해 개정법을 만들라는 것이다.
헌재는 그 기간을 2009년 12월까지로 정했고 개선입법은 2010년 1월1일부터 적용하라고 명시했다.
한편 헌재는 국세인 종부세가 △이중과세이고 △미실현 이득에 대한 소급과세이며 △지방세가 아니어서 지방자치재정권을 침해해 위헌이라는 헌법소원 청구인 등의 주장은 모두 기각, 종부세 자체의 정당성은 인정했다.