급등하던 부동산 가격을 잡기 위해 노무현 정부에서 도입한 종부세는 처음부터 극심한 논란을 몰고 다녔다. 부동산 과다 소유자에 대한 누진세의 성격 탓에 강남지역 주택 소유자를 중심으로 '부유세' '강남 응징세'라는 반발이 극심했다. 한편으로는 지방자치단체가 부과하던 재산세 일부를 국세화한다는 이유로 전국 시·군·구의 저항도 컸다.
2004년 11월에는 당정은 종부세 과세 대상을 국세청 기준시가 주택은 9억원, 나대지 6억원으로 확정하고 세율은 1∼3%로 3단계로 부과하기로 했다.
그해 12월 전국 7만4212명에 대해 종합부동산세가 처음으로 부과되자 취소 소송도 잇따랐다. 2006년 5월 서울 도곡동 타워팰리스, 대치동 동부센트레빌 등 강남구 아파트 주민 85명은 서울행정법원에 종부세 부과 취소 소송을 내고 위헌심판 제청을 신청했다. 이후 수십 건의 소송이 법원에 잇따라 제기됐으며 종부세가 위헌이라는 내용의 헌법 소원도 줄을 이었다.
법원은 종부세 부과가 합법이라는 판결과 함께 위헌소지도 없다며 위헌제청신청을 여러차례 기각했다. 그러다 올해 4월 처음으로 '세대별 과세는 위헌 소지가 있다'며 헌재에 위헌심판을 제청하기로 결정한다.
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앞서 강남구 등 서울 시내 22개 자치구는 2005년 7월 종합부동산세가 지자체의 자치 재정권을 침해하고 있다며 권한쟁이 심판을 헌법재판소에 청구했지만 이듬해 6월 헌재는 각하 결정을 내렸다.
노무현 정부의 '세금 폭탄' 논란 때문에 지난해 대선 과정에서 주요 후보들은 하나같이 종부세를 완화하겠다는 공약을 들고 나왔다. 이명박 후보는 장기보유 1주택자에 대해 종부세를 완화하겠다고 공약했으며 여당 정동영 후보조차 1주택자에 대한 세금을 줄일 필요가 있다는 의견을 내놓았다.
정권이 바뀌면서 종부세에 대한 정부의 입장도 달라졌다. 지난 8월만 해도 기획재정부는 헌재에 "종부세법은 불필요한 부동산 보유를 억제함으로써 국민 다수에게 쾌적한 주거 공간을 제공하기 위한 법이며 세율도 과도하지 않다"는 의견을 제출했다.
그러나 지난 10월에 제출한 의견서에는 "종부세는 부동산 투기 문제를 조세로 해결하려 해 과도한 세율과 재산권 침해 등의 문제를 야기했다"며 사실상 위헌 의견으로 돌아섰다.
위헌 소송과 별개로 당정은 지난 9월 주택 과세기준금액을 9억원으로 상향조정하고 세율을 1∼3%에서 0.5∼1%로 인하하는 한편 고령자에 대해 세금을 10∼30% 경감하기로 합의했다.