정 수석은 "논문 표절 의혹으로 새로 출범하는 대통령실과 비서진에 문제가 있는 것처럼 비춰질 경우 임명권자인 대통령에게 누가 될 수 있다고 생각해 발령보류를 요청했다"고 이동관 청와대 대변인이 전했다.
일부 언론에 따르면 정 수석은 지난 2000년 '21세기 사회와 열린교육의 필요성'이라는 제목의 논문을 학술진흥재단(학진) 등재지 '열린교육연구'에 게재했다. 이 논문은 2년전인 1998년 강원도교육연구원 계간지에 실었던 논문과 제목과 구성이 완전히 일치하는 것으로 드러났다.
이 논문은 자기표절 의혹도 받고 있다. 정 수석이 1997년 이화여대 조경원 교수와 공동명의로 '열린교육학회지'에 발표한 '현행 열린교육의 교수·학습방법의 문제점 및 개선방향 탐색'이라는 논문에 핵심적인 부분이 담겨있기 때문이다.
또 2004년 한양대에 게재한 '지식기반사회의 특성에 비추어 본 학교교육의 개선방향'이란 제목의 논문에도 2000년 논문의 한 단락을 별다른 인용 없이 그대로 실어 자기표절 의혹을 받고 있다.