논란은 지난 15일 참여정부 시절 추진했던 혁신도시의 사업효과가 과장됐다는 감사원 내부 검토보고서가 공개되면서 불붙기 시작됐다.
최재성 민주당 원내 대변인은 지난 17일 국회 브리핑을 통해 "지난해만 해도 혁신도시가 늦다고 관련 부처를 압박했던 감사원이 이제 와서 문제제기를 하고 나서는 것은 아무리 공직사회가 해바라기라고 해도 너무하는 행위가 아닌가 싶다"고 지적했다.
감사원은 혁신도시 외에도 최근 정부의 공기업 개혁정책에 발맞춰 '공기업 표적감사'에 나섰다는 논란을 일으켰다.
감사원은 자료에서 "2006년 지역개발사업 추진실태를 감사해 혁신도시 추진과정상의 여러 문제점을 지적했고 그 결과를 2007년 11월 공개했다"며 "언론에서도 당시 감사결과를 '혁신도시 이대로 가면 유령도시' 등의 제목으로 보도했다"고 밝혔다.