그러나 "더 줄였어야 한다"는 지적도 나온다. 또 부처 수만 줄였을 뿐 정부 개혁의 핵심인 '인력 감축'은 비켜간 것도 아쉬운 점으로 지목됐다.
임 교수는 "참여정부를 거치면서 비대해진 정부조직을 대폭 개편한다는 점에서 의미가 있다"며 "그동안 불어난 청와대 조직을 줄이는 것도 잘 한 것 중 하나"라고 했다.
허찬국 한국경제연구원 경제연구본부장은 "그동안 불어왔던 정부 조직이 축소 쪽으로 방향을 틀었다는 것 자체에 큰 의미가 있다"고 말했다. 그는 "갖은 우려에도 불구하고 실제로 방안을 발표했다는 것이 중요하다"며 "말만 하고 행동하지 않는 정부와 다르다는 점을 분명히 각인시켰다"고 밝혔다.
해외자원 개발 등의 분야를 맡을 '특임장관' 제도 도입에 대해서도 허 본부장은 "정부조직을 탄력적으로 운영하는 것이라는 점에서 긍정적"이라고 평가했다.
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그러나 아쉽다는 지적도 있었다. 임 교수는 "환경부처럼 추가로 통폐합할 여지가 있는 부처들이 있다"며 "부처를 더 줄였어야 하는데, 그렇지 못한 것이 아쉽다"고 말했다.
박 교수는 이번 정부조직 개편 방안에서 핵심인 인력 감축 부문이 빠졌다고 지적했다. 박 교수는 "이번에 발표된 방안은 기능 재편일 뿐"이라며 "당초 국민들이 기대했던 인력 감축을 동반한 조직 축소와는 거리가 있다"고 밝혔다.
보완해야 할 대목들도 거론됐다. 임 교수는 "통일부 통폐합은 옳은 방향이지만, 남북 경제협력 등 대북 실물행정이 약해질 우려가 있다"며 "남북교류청을 두는 등의 방식으로 보완할 필요가 있다"고 말했다.
재정경제부와 기획예산처의 통폐합으로 예산편성, 세제·국고, 기획조정 기능이 '재정기획부'에 몰린다는 점에 대해서도 우려가 제기됐다. 견제장치 마련이 필요하다는 지적이다.
한편 전국공무원노동조합 이승철 정책기획부장은 "정부조직이 지향해야 할 최고의 가치는 '공공성'인데, 지나친 부처 통폐합은 공공성을 훼손할 가능성이 있다"며 "재정기획부와 노동부처럼 부처 간 힘의 균형이 무너질 경우 국정이 편향되게 운영될 수 있다"고 말했다.