역대 정부는 공히 각 정권이 추구하는 가치와 지향에 따라 수차례 정부 조직을 개편했다.
노태우 전 대통령의 제6공화국(1987~1992년)은 두 차례 조직 개편을 단행했다. 전두환 정권 시절의 '2원 16부 4처 13청 3외국 4실 1위원회'를 '2원 16부 6처 15청 2외국 4실'로 확대 개편했다.
김영삼 전 대통령의 문민정부에서도 모두 3차례의 조직 개편이 있었다. 그 결과 6공화국의 '2원 16부 6처 15청 2외국 4실'이 '2원 14부 5처 14청 1외국 4실 4위원회'로 조정됐다.
노무현 대통령의 참여정부는 모두 6차례나 정부조직법을 바꿨다. 소방방재. 방위사업청 신설, 철도청 공사화 등의 개편을 거쳐 '18부 4청 18청 4실 10위원회' 체제로 정비됐다.
올 2월 출범하는 '이명박 정부'는 결국 참여정부의 조직을 '13부 2처 17청 4실 5위원회'로 축소하는 정부 조직 개편안을 16일 발표했다.