25일 국회예산정책처의 '최근 조세정책의 주요 변화와 영향 분석' 보고서에 따르면 종부세는 조세의 기본적 목적인 재정수입보다 경기조절, 부동산 보유 관련 과세 형평성 제고와 투기 억제 등을 목적으로 도입됐다. 재원조달 기능보다는 부동산 가격 안정, 소득재분배, 지역균형발전 등의 정책 목적에 초점이 맞춰져 있다.
제도가 크게 확대된 2006년에는 △과세방식 전환(개인별 합산과세→세대별 합산 과세) △세율 및 과표적용률(공정시장가액비율) 인상 △세부담 상한율 조정(300%→150%) 등의 법률 개정이 이뤄졌다. 그러나 2008년 11월13일 헌법재판소의 세대별 합산 과세에 대한 위헌결정으로 같은해 12월 과세분부터 개인별 합산과세로 전환됐고, 세대별 합산방식으로 이미 과세된 2006~2007년 징수분은 세액을 다시 산정해 5622억원이 환급됐다.
2008년 12월 세법 개정에 따라 과세기준금액이 완화되고 세율이 인하되는 등 제도가 축소됐다. 1주택자에 한해 세액공제도 신설됐다. 또 과세표준 적용비율의 경우 주택·종합합산토지는 2009년까지, 별도합산토지는 2015년까지 각각 100%까지 인상할 계획이었으나 2009년 공정시장가액비율을 신설해 그 비율을 시행령으로 위임했다. 이에 따라 2009년 70%, 2010년 75%, 2011년 이후 80%가 각각 적용됐다.
종부세 과세 대상 인원과 과세액은 2007년 48.3만명, 2.8조원 규모에서 헌재 위헌 결정 이후인 2009년 각각 20만명대와 1조원대로 급감했다. 특히 다주택자 과세 대상 인원은 2007년 22.9만명에서 2008년 12.5만명으로 10.4만명(45.4%) 줄었다. 다주택자 과세 인원 감소로 결정세액은 2007년 9027억원에서 2008년 5394억원으로 3634억원(-40.6%) 감소했다. 4억원 주택 2채를 부부가 각각 1채씩 보유한 경우 2007년 세대별 합산과세 방식으로는 2.4억원이 과세표준으로 집계됐으나 2008년 개인별 과세방식으로는 각각의 주택가격 모두 과세기준액 5억원(2008년 당시)을 하회해 과세대상에 포함되지 않게 됐다.