4대강 살리기 기획단은 국토부를 주축으로 환경부, 문화관광부, 행정안전부, 농림수산식품부, 지식경제부, 문화재청 등이 합류하는 정부합동 태스크포스로 정책총괄팀, 기획재정팀, 조사분석팀, 사업관리팀, 홍보기획팀 등 5개팀으로 구성된다.
국토부는 이와 별도로 유역별 지방국토관리청(부산ㆍ서울ㆍ대전ㆍ익산)에는 4대강 사업의 집행을 위해 4대강 살리기 사업팀을 별도 운영할 계획이다.
특히 4대강 살리기 마스터플랜을 올 5월까지 확정하고, 하반기부터 본격 공사에 착공하기로 했다.