공기업의 경영 효율성보다는 균형발전이라는 정부의 거대 정책에 끼워 맞춰 밀어붙이다 보니 적지 않은 문제점들이 무시된 채 추진돼 왔다는 것.
2012년에 지방 이전이 결정된 다른 공기업 관계자는 "10여년밖에 안 된 사옥을 팔고 지방으로 이전하라는 지침에 대해 부당하다고 느끼는 사람들이 많다"며 "사옥을 수도권 사무소로라도 이용하고 싶지만 그러지도 못하게 돼 있다"고 지적했다.
1974년에 이미 대전으로 이전한 수자원공사의 경우에도 "공기업과 관련한 주된 의사 결정은 중앙정부에서 이뤄지기 때문에 정보 접근성이 매우 떨어지고 기업들이 대부분 수도권에 있어 물류 접근성도 취약하다"는 점을 인정했다. 다만 "대전 지역의 경제 발전에는 상당한 기여를 하고 있다는 자부심도 있다"고 부연했다.
공기업을 지방으로 이전시켜 지방을 발전시키려는 혁신도시 사업은 이명박 정부가 적극 추진하고 있는 공기업 민영화와도 부딪힌다. 지방으로 이전이 결정된 공기업은 민영화할 수 없기 때문. 만약 이 공기업을 민영화할 경우 정부로서는 지방으로 이전하라고 강요할 수 없게 된다.
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노무현 정부에서 2012년에 경남 진주로 이전이 확정된 남동발전의 경우 "현재 민영화 우선 추진 공기업으로 지정돼 있어 이러지도, 저러지도 못하고 있다"며 "민간 기업이 되면 지방 이전을 강제하지 못할 상황인데 민영화와 지방 이전을 동시에 추진한다는 것은 모순"이라고 지적했다.
노무현 정부 때 국가균형발전특별법에 따라 지방 이전이 결정된 수도권 소재 공공기관은 총 175개. 예를들어 대한주택공사, 중소기업진흥공단, 국민연금관리공단, 한국남동발전 등은 경남에, 한국전력, 한국농촌공사, 한국전파진흥원 등은 광주·전남 혁신도시에 이전시키는 식이다.